La determinación del perfil lipídico enfrenta controversias sobre si el paciente debe ayunar, la utilidad clínica del colesterol LDL tradicional, la importancia del colesterol no-HDL y la necesidad de incluir marcadores genéticos como la lipoproteína.
¿Ayuno o sin ayuno? La práctica tradicional exigía ayuno de 9 a 12 horas. Hoy existe un fuerte debate, ya que las variaciones en los triglicéridos tras comer son clínicamente menores. Muchos laboratorios modernos realizan perfiles sin ayuno, reservando el ayuno para pacientes con triglicéridos muy altos.